第十八回 CerevisiaeのKOコレクションに見られるAneuploidy

守屋です。

大規模解析に関する短い関連話題ですが、エントリーを独立させました。

先日のYeast2012で、「cerevisiaeのKOコレクション(ハプロイド破壊株コレクション?)の多くのものがAneuploidになっている」という発言がちらほら出ていました。はじめAmonの発表で述べられていたらしい事を、大西さんに確認されて、私もぼーっとしていて聞き逃していたようなのですが、金曜日にも同様な話題が出ていましたね(大西さん、聞いてらっしゃいました?)。

その時の質疑では、「KOコレクションのそれぞれの株全部の塩基配列決定を誰かやらないのか?」「私たちやりはじめている。」という流れだったように思います。

これもまた大規模解析の難しさを物語っていますね。

投稿日: 2012年8月7日 | カテゴリー: 遺伝子工学 | パーマリンク 3件のコメント.

  1. 大西雅之

    大西@stanfordです。

    コレクションのploidyについては、Amonの発表で最初に述べられていました。
    また、ご指摘の通り金曜日の発表でも、質疑で守屋先生のおっしゃるようなやり取りがあったのを記憶しております。
    残念ながら私もぼーっとしていたので、発表者と質問者が誰だったか、はっきり覚えていません。

    Amonの発表の際に思ったのが、aneuploidyが遺伝子破壊の結果としての表現型なのか、それとも完全にランダムなのか、と言う点が気になりました。
    もしも前者であったとすると、aneuploidyについて研究しているAmon本人などについては、使いようによっては便利なコレクションということになりそうです。

    この辺も、今後複数の研究室でコレクションのゲノムシークエンシングをやり始めるようになるとはっきりしそうです。

    まさに大規模解析の難しさですが、一方では新しい生物学的問題とそれに対する切り口を提供してくれる可能性も感じました。

  2. ちなみに現在の時点ではSGAなどの結果を確認するために
    1: knockoutを別のback ground (eg. W303)で作り直す。PCRでKanMXを含む領域をamplifyして壊したい株にtransfomationする。
    2:この新しいknockoutでSGAで見られるgenetic interactionをtetrad analysisで確認する。
    という作業になります。私の場合、スクリーニングそのものよりも、この確認作業に時間がかかりました。多くのラボではこの確認作業はしません。なのでみなさんがdatabaseで目にする結果はpositive and negativeが混在しています。このうちどれだけがpositiveなのかは実験によります。

  3. 谷内江@トロントです。

    私このセッションいませんでしたが、うちのラボではknockout collection全部をシーケンスしていますね。他にもやっているところがあるのでしょうか?

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